ترددت اخبار تفيد كشف حقيقة مثلية جون ترافولتا إذ ان الطيار السابق الخاص به قام بتهديده بتسريب صورة لعدد من مجلات الفضائح الأميركية يظهر فيها ترافولتا بملابس وباروكة نسائية ويضع مساحيق التجميل، وتم وضع أسفل الصورة تنويه يشير إلى أنها ليست مأخوذة من فيلم سينمائي.
نشرت مجلة تايم عام 1991 قصة تغطية بعنوان “عبادة الطائفة المزدهرة والسلطة”، تفيد ان المدير السابق لكنيسة السيانتولوجيا ويليام فرانكس قال إن ترافولتا كان حذراً من ترك الإيمان لأنه يخشى أن تنشر الكنيسة تفاصيل عن حياته الخاصة، منها مثليته الجنسية.
في أيار/مايو 2012 ،قدم مدلك مجهول دعوى قضائية ضد ترافولتا عن ادعاءات بالاعتداء الجنسي.
وقال محامي ترافولتا إن الادعاءات “خيال كامل وتصنيع” والشخص كان يريد 15 دقيقة من الشهرة. كما ذكر محامي ترافولتا أن موكله سيكون قادرًا على إثبات أنه لم يكن في كاليفورنيا في ذلك اليوم. بعد ذلك انضم مدلك ثان إلى الدعوى التي تقدم ادعاءات مماثلة ولكن بعد ذلك أسقط أصحاب الشكوى الدعوى القضائية، من دون معرفة ما اذا كانا على حق ام لا، والسبب وراء تراجعهما عن الدعوى.